POSTED BY info | 4月, 07, 2020 |

利用BONCAT-FACS探讨土壤微生物活性组分

Couradeau E, Sasse J, Goudeau D, Nath N, Hazen TC, Bowen BP, Chakraborty R, Malmstrom RR, Northen TR (2019) Probing the active fraction of soil microbiomes using BONCAT-FACS. Nature Communications 10: 2770.

https://doi.org/10.1038/s41467-019-10542-0

将土壤微生物多样性与土壤过程联系起来的能力需要将活性微生物与细胞外DNA和休眠细胞区分开来的技术。在这里,我们使用BONCAT(生物正交非典型氨基酸标记)来测量土壤中的翻译活性细胞。我们比较了橡树岭(田纳西州,美国)两种土壤深度的活跃种群,发现最多25-70%的可提取细胞是活跃的。通过荧光活化细胞分选(FACS)对BONCAT阳性细胞16srRNA序列的分析,发现活性组分的系统发育组成与可提取细胞的总体数量有明显的差异。研究发现,群落中的一些成员在两个深度上都是活跃的,与它们的丰度等级无关,这表明孵化条件有利于类似有机体的活动。我们的结论是,BONCAT-FACS能有效地原位检测土壤微生物组分的活性,为揭示土壤过程与特定微生物群之间的联系提供了新的途径。

文中应用prepGEM试剂盒对细胞颗粒进行裂解提取DNA。

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